1898年（明治31年）7月1日：設嘉義國語傳習所鹽水港分教場，場址於現鹽水郵局。同年10月1日，創立鹽水港公學校。
1902年（明治35年）4月1日：設查某營（今柳營區）分班。
1904年（明治37年）3月31日：第一屆畢業典禮。
1905年（明治38年）9月：新建校舍落成。
1908年（明治41年）：查某營分班獨立設校為查某營公學校。
1915年（大正4年）3月25日：設立義竹圍（今義竹鄉）分校。
1919年（大正8年）3月27日：設立番仔厝分班；同年年3月28日義竹圍分校獨立為義竹圍公學校。
1921年（大正10年）4月1日：增設高等科。同年5月24日改稱鹽水公學校。
1922年（大正11年）3月31日：番仔厝分班獨立為番仔厝公學校。
1931年（昭和6年）4月1日：附設幼稚園。
1941年（昭和16年）4月1日：改稱鹽水東國民學校[1]。
1944年（昭和19年）4月1日：分設月津分班。
1946年2月1日：校名改為鹽水鎮第一國民學校。
1947年2月1日：改稱鹽水國民學校，廢除高等科。
1947年2月13日：月津分班獨立為月津國民學校。
1948年：校務組織分校長、教導、兒童部、民教部班級數20班。
1953年：校務組織分校長、教導下設教務、訓導、總務、研究四部，班級24班。
1950年8月1日：分設汫水分校。
1964年10月31日：成立幼童軍團二團並組訓鼓隊。
1967年8月1日：汫水分校獨立為汫水國民學校。
1967年10月25日慶祝創立70週年旅日校友王玉順先生捐建玉順館，落成典禮並舉行運動大會。
1968年8月1日：改稱鹽水國民小學，實施九年國民義務教育畢業生免試直升國民中學，並實施修正國民小學暫行課程標準。
1974年8月1日：改制校務組織校長下設教務、訓導、總務三處、下設課務、註冊、生活輔導、體衛等四組。
1974年9月：辦理兒童齲齒防治中心。
1975年1月15日：危險教室重建六間竣工。
1976年：危險教室拆除重建五間竣工。
1977年5月15日：發展與改進國民教育設備計畫改建四間教室，新建四間教室，並加強照明設備逐年更新課桌椅。
1977年8月：實施國民小學新課程標準。
1982年4月3日：操場填土司令台興建竣工。
1983年8月1日：設置資賦優異班啟智班推展特殊教育。
1983年10月21日：中正堂兼體育館破土。
1984年6月：六年教育改進計畫，改建危險教室2間，增班教室1間竣工。
1984年8月20日：趙東林校長因籌建中正堂兼體育館及興建辦公室操勞過度，積勞成疾因而病逝。
1985年3月15日：六年國教計畫將危險教室改建2間、輔導室1間竣工啟用。
1985年5月：自然增班教室二間竣工。
1985年8月1日：改建樓梯間興建中堂開工。
1985年8月11日：興建中正堂兼體育館落成典禮。
1985年10月：興建北門路後校門。
1986年9月30日：國教六年計畫增建教室二間。
1987年2月：自然增班教室一間開工。
1987年4月3日：舉辦創校九十週年校慶運動大會暨成績展覽。
1987年6月：美勞教室啟用。
1989年2月：整修朝琴路前校門。
1989年5月：視聽教室完工。
1989年9月13日：莎拉颱風侵襲造成鹽水鎮重大水災，校內淹水淺處達一公尺以上損失慘重。
1991年4月28日：改建運動場完工並舉行社區運動會。
1991年10月：興建10間教室竣工。
1992年3月13日：開辦營養午餐。
1992年5月：音樂教室竣工。
1992年8月：本校女子網球隊獲全國冠軍，並至日本比賽榮獲冠軍，為國爭光。
1995年9月：電腦教室成立。
1996年12月：興建綜合球場。
1997年5月10－11日：舉辦創校百週年校慶暨五育並重雕像落成。
2000年3月22日：成立資源班並增購設備。
2000年10月5日：採購午餐廚房設備。
2001年2月15日：完成網球場修復工程。
2001年7月16日：完成水溝加蓋及校園美化修繕工程。
2001年11月28日：改善教學環境工程。
2001年12月28日：運動場、網球場及周邊設備復建工程。
2002年8月1日：汫水國小改制為鹽水國小汫水分校。
2003年1月2日：331大地震復建教室樑柱牆壁、圍牆工程。
2003年2月12日：更換活動中心窗簾、舞檯布幕。
2003年10月9日：老舊教室防水防漏整建工程。
2003年11月5日：92會計年度加強特教資源中心功能設備。
2004年7月23日：活動中心電力增設工程。
2004年12月14日：改善無障礙校園環境工程。
2004年12月23日：中正堂修繕及學生木製櫥櫃建置。
2005年8月17日：本校午餐公辦民營勞務採購。
2007年8月：汫水分校廢校。
2008年3月：神社修復。
2009年5月：操場跑道興建完成。
2010年10月：街角綠地文武步道整修工程。
2010年12月：新建校舍奎璧樓落成啟用。
2011年6月：新建圖書館奎璧書苑暨英語情境教室落成啟用。
2011年6月：畢業生聯誼會捐贈重建鐘樓。
2013年10月：幼兒園改善教學環境設備。
2013年10月：獨立廁所整修工程。
2020年5月：前瞻計畫補助校園無線網路，設置無線基地台二十二台。
2020年8月1日：王惠足校長接任鹽水國小校長一職。